在一个已经被完全探索过的世界里，被称为“深渊”的大洞是唯一残存的秘境。
在这个深不见底、延伸到未知地方的巨大垂直洞穴中，不仅居住着各种奇异离奇的生物，还有如今人类无法制造的珍贵遗迹。
“深渊”充满了不可思议的神秘面貌，吸引着人们纷纷前去冒险。渐渐地，人们开始把那些多次挑战大洞的冒险者称为“洞窟探险者”。
孤儿莉可生活在深渊附近的城镇“奥斯”，她梦想着将来能像母亲一样成为伟大的洞穴挖掘者，解开深渊之谜。
有一天，母亲莱莎的白笛被发现，让莉可下定决心潜入深渊深处。她捡到的失忆机器人莱格尔也决定与她同行，以寻找自己的记忆。
莉可于深层世界第四层被透珠的剧毒腐蚀折磨，而救她的人，正是名为那那基的悲惨结局。那那基加入后，三人继续在潘多尔德所在的深层世界第五层冒险，在那里，他们遇到了名为普鲁斯卡的少女，由潘多尔德抚养长大，对外界一无所知。普鲁斯卡……
